juin 172013
 

Mendeley et Zotero sont deux logiciels bibliographiques gratuits et de qualité. Si le premier est un logiciel propriétaire acquis par l’éditeur scientique Elsevier, le second est libre et open source. Les deux solutions présentent des caractéristiques comparables en matière de gestion et d’insertion des références bibliographiques mais de multiples différences apparaîtront à l’usage.
L’intention de ce billet de blog est de montrer :
* que leurs fonctions essentielles sont similaires
* que si Mendeley dispose de caractéristiques absentes chez Zotero, ce dernier peut se montrer aussi performant en lui joignant les bons compléments.

Pour Wikipedia, un logiciel de gestion bibliographique est un « logiciel destiné à établir, trier et utiliser des listes de références bibliographiques d’articles, d’ouvrages ou même de sites web concernant des publications scientifiques. Il est principalement utilisé par les étudiants et les chercheurs ».
Ses fonctions essentielles seront  :
1/ L’intégration des références dans la bibliothèque de référence (souvent par capture automatique depuis un catalogue de bibliothèque, ou une base de donnée)
2/ Le classement des références
3/ L’insertion de la référence dans le texte.
Cet outil répond à un besoin individuel, la gestion des références nécessaires à un travail de recherche, et opère dans le cadre d’une proximité avec le travail personnel du chercheur.
Or l’éditeur scientifique Elsevier, souvent dénoncé pour le coût excessif de l’abonnement à ses revues qui grève le budget des bibliothèques a acquis le logiciel Mendeley en avril 2013 pour 53 millions d’euros. Pour nombre de ses 2,5 millions d’utilisateurs qui adhéraient auparavant à un dispositif géré par une compagnie anglaise indépendante, confier ses données à un éditeur scientifique accusé de pratiques monopolistique est dérangeant, malgré les arguments employés pour rassurer : « vos données seront toujours en votre possession, nous continuerons à soutenir les standards ouverts et les formats de données pour l’importation et l’exportation et à veiller à leur portabilité »

Il est possible de confier la gestion de ses données de recherche à Zotero, logiciel de gestion de références libre et open source, développé par une université américaine, George Mason University : en raison de son modèle de développement nul n’en fera l’acquisition . Les différentes utilisations que font les deux outils des informations sur leurs utilisateurs sont révélatrices de leurs modèles, commercial pour Mendeley et libre pour Zotero. Ainsi  Mendeley collecte nombre de données sur ses utilisateurs et peut, après leur anonymisation, les partager avec des tierces parties

We may also use aggregate statistical information regarding users’ interests, habits and reading patterns, broken down in some cases on an institutional level or other relevant segmenting. This statistical data does not contain any personally identifiable information and is made available to registered users and other interested third parties (such as publishers) on an anonymous and aggregated basis.

Zotero ne collecte que peu de données et ne les partage pas avec des tierces partie.

Zotero does not share your data with third parties

 

1/ L’intégration, la gestion et l’insertion des références

 

- L’intégration des références

zoterocapture

En utilisant le logiciel zotero, face à une ressource scientifique disponible sur un site compatible , une icône apparaît dans la barre du navigateur. Un clic sur l’icône permettra de récupérer la référence et de l’intégrer dans la bibliothèque du logiciel, en local. A cette étape, nul besoin d’avoir un compte sur le site.

 

 

mendeleycapture
Sur Mendeley, un bookmarklet installé dans la barre de favoris (1) permet de récupérer la référence (2) sur les sites compatibles. La référence  sera automatiquement intégrée  dans la bibliothèque de références sur le site Mendeley, et ne passera sur le client Mendeley en local qu’après une synchronisation. Concrètement, cela signifie qu’il est obligatoire à cette étape de faire appel aux services en ligne de Mendeley et d’y avoir un compte.

- La gestion des références

 

mendeley_bibliothequebibliothequezotero
Les bibliothèques des deux logiciels se ressemble (en haut, Mendeley ; en bas, Zotero) : les dossiers de classement (1), la liste des référence du dossier sélectionné (2) et l’essentiel : les éléments bibliographiques de la référence sélectionnée (3), puisque se trouve ici ce qui sera inséré lors du travail d’écriture.

- L’insertion des références

mendeley_insertion1
Mendeley : après installation du plug-in, les icônes d’insertions apparaissent dans l’onglet Références de Word, et permettent l’insertion de références (Insert Citation) et de listes bibliographiques (Insert Bibliography)

Mendeley_insertion2
Mendeley : si dans le document une référence est sélectionnée, l’icône d’insertion se transforme et propose (Edit Citation) de modifier la référence.

zotero_insertion
Zotero dispose de plus d’icônes pour les mêmes fonctionnalités : ainsi,  les quatre premières icônes, de gauche à droite, permettront d’insérer la référence/citation, de la modifier, d’insérer la bibliographie, puis de la modifier. L’interface de Zotero peut paraître moins intuitive que celle de Mendeley, mais cet inconvénient s’estompe à l’usage.

- Les styles bibliographiques

Afin de déterminer la présentation des éléments bibliographiques insérés (auteur, titre d’article, année, etc.) c’est à dire l’ordre, la mise en forme et la ponctuation, des styles bibliographiques qui correspondent aux standards de présentation des revues scientifiques sont utilisés, codifiés à l’aide du Citation Style Language (CSL) utilisé par Zotero et Mendeley. En pratique, cela signifie que celui qui utilise un style bibliographiques sur l’un des logiciels pourra aisément le retrouver sur l’autre, et que des connaissances acquises en personnalisation de style seront également transposables.

2/ Des particularités propres à chaque outil

Malgré ces similarités, il y aura de multiples différences fonctionnelles entre les deux logiciels si l’on s’intéresse à ce qui peut apparaître comme point de détail lors de la lecture d’un descriptif mais pourra devenir essentiel pour l’usager. Quelques unes seront abordées ici, avec une attention particulière portée au traitement du document PDF, en raison du nombre important de ressources numériques scientifiques disponibles à ce format.

- Stockage en ligne
Il est possible de ne conserver les documents qu’en local, mais pour qui voudra profiter de la possibilité de stockage en ligne (et bénéficier ainsi d’une sauvegarde) Zotero propose un stockage limité à 300 megas, et Mendeley un stockage plus conséquent, limité à 2 gigas. A noter : sur les deux outils il sera possible de confier la tâche de stockage à un utilitaire comme Dropbox.

- Un recours obligatoire au serveur de Mendeley
Une différence notable entre les deux logiciels est le recours obligatoire au serveur de Mendeley pour utiliser l’outil, contrairement à Zotero. Ainsi il est nécessaire de disposer d’un login et mot de passe fourni par le site Mendeley pour utiliser le logiciel, et la capture de références en ligne sur les catalogues et bases de données scientifiques passe en premier lieu par le serveur Mendeley, puis en local après une synchronisation.

- Réseau social
Mendeley est couramment présenté autant comme un réseau social scientifique que comme un logiciel bibliographiques. Ses usagers peuvent lier leur activité au réseaux Facebook, Twitter, et disposent , comme sur facebook, d’un « mur d’évenement » (le dashboard) qui trace la vie de leur compte (ajouts à des groupes de travail, activités de leurs contacts, etc.) Le réseau de Zotero est minimal et se contente d’afficher CV, contacts et éventuellement la bibliothèque.

- Travail collaboratif
Les deux outils proposent des groupes de travail aux fonctionnalités similaires : des groupes visibles par tous où seules les références seront partagées ou des groupes visibles des seuls participants où les documents pourront être partagés. Mendeley permettra d’annoter et commenter des documents pdf à plusieurs directement dans son interface, tandis que Zotero imposera de passer par un lecteur pdf externe.

3/ Sur Zotero, compenser grâce à une série de plugins ou d’outils externes les fonctionnalités de Mendeley utiles dans un travail de recherche scientifique

- Traitement du document PDF
Le « Portable Document Format » (PDF) est le format standard pour nombre de ressources scientifiques.
Mendeley peut extraire les éléments bibliographiques de ressources au format pdf disposant d’un digital object identifier (DOI). Mendeley permet aussi de lire les documents pdf, de les annoter, commenter, et d’en extraire les annotations. Si l’on télécharge régulièrement des fichiers PDF dans un même dossier sur l’ordinateur, Mendeley pourra les intégrer automatiquement dans sa bibliothèque. Ces fichiers pourront être gérés dans un dossier spécifique de l’ordinateur selon des règles de nommage personnalisables. La fonctionnalité de recherche par mots-clefs parmi la bibliothèque Mendeley concerne aussi les documents PDF gérés.
Zotero effectue ces opérations, mais il faudra lui adjoindre des outils complémentaires. Ainsi, pour lire les pdf, il faudra avoir recours à un logiciel externe, comme Acrobat Reader, Foxit reader, ou PDF Xchange Viewer qui sauront gérer les commentaires et annotations.
Deux extensions pdftotext, pdfinfo lui permettront d’extraire les données bibliographiques des fichiers PDF disposant d’un DOI et de faire de la recherche par mots-clef parmi les fichiers PDF. Enfin, l’extension Zotfile permettra à Zotero d’intégrer automatiquement des pdf dans sa bibliothèque, de les gérer dans un dossier externe, d’extraire les annotations et commentaires faites dans le pdf pour les disposer dans une note texte exploitable dans la bibliothèque Zotero.

- Latex
Zotero et Mendeley insèrent aisément les références sur Open Office et Word. Toutefois, nombre de scientifiques préfèrent gérer leurs écrits à l’aide du langage Latex, qui permet de séparer la fond de la forme et exige une rigueur de structuration. En parallèle avec un dispositif Latex, les références bibliographiques seront gérées par une base donnée au format BibteX. Or, si Mendeley permet de synchroniser sa base de références avec une base Bibtex, Zotero ne propose nativement qu’une fonction d’exportation peu pratique, car il faudra répéter l’opération. L’extension AutoZotBib pour Zotero permettra d’obtenir une synchronisation permanente.

 

Malgré le changement récent de propriétaire, il ne semble pas que l’accès à vos données de recherche soit mis en danger en utilisant Mendeley, d’ailleurs quelques minutes suffiront pour les faire passer d’un logiciel à l’autre.
Au delà des fonctions essentielles bien assurées par les deux logiciels et des spécificités de chacun, il est aussi possible de tenir compte du modèle de développement de chacun lors du choix de l’outil.

 

Quelques ressources :

Mes tutoriaux vidéos sur Zotero, Mendeley

  4 Responses to “Logiciels bibliographiques : Zotero, alternative libre à Mendeley, propriété d’Elsevier”

  1. [...] Logiciels bibliographiques : Zotero, alternative libre à Mendeley, propriété d’Elsevier [...]

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  3. Une précision : avec Zotero, le stockage en ligne des *références* (sur le serveur Zotero ce qui permet la synchronisation de type « cloud » entre plusieurs postes) est illimité et gratuit.
    Ce qui est limité est le stockage en ligne des *documents* (PDF ou autres) attachés à ces références bibliographiques : gratuit jusqu’à 300 Mo, payant au-delà. Mais on peut toujours utiliser une solution de stockage en ligne non payante (WebDAV, dropbox…)

  4. […] Logiciels bibliographiques : Zotero, alternative libre à Mendeley, propriété d’Elsevier […]

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